Con este vídeo de la Zona Código aprenderás a evitar que se muestren en la tienda los enlaces a categorías que no te interesen.
Los productos seguirán existiendo. Pero esas categorías no aparecerán en la página de tienda.
En el ejemplo del vídeo, he quitado la típica categoría «sin categoría» y una de productos digitales. Te explico cómo aplicarlo a tu caso particular: